Непосредственным поводом к войне послужили майские события 1618 г. в Праге. Открыто попирая религиозные и политические права чехов, гарантированные в XVI в. и подтвержденные в начале XVII в. специальной императорской "Грамотой величества", габсбургские власти подвергли гонениям протестантов и сторонников национальной независимости страны. Ответом были массовые волнения, в ходе которых особенно активную роль сыграла дворянская оппозиция. Вооруженная толпа ворвалась в старый королевский дворец Пражского Града и выбросила из окна двух членов назначенного Габсбургами правительства и их секретаря. Все трое чудом остались живы после падения с 18-метровой высоты в крепостной ров. Этот акт «дефенестрации» был воспринят в Чехии как знак ее политического разрыва с Австрией. Восстание «подданных» против власти Фердинанда стало толчком к войне.

Первый (чешский) период войны (1618—1624).
Новое правительство, избранное чешским сеймом, укрепило военные силы страны, изгнало из нее иезуитов, повело переговоры с Моравией и другими близлежащими землями о создании общей федерации по типу нидерландских Соединенных провинций. Чешские войска, с одной стороны, и их союзники из Трансильванского княжества — с другой, двинулись на Вену и нанесли ряд поражений армии Габсбургов. Объявив об отказе признать права Фердинанда на чешскую корону, сейм избрал королем главу Евангелической унии, курфюрста-кальвиниста Фридриха Пфальцского. Дворянские руководители чешского восстания рассчитывали при этом, что им окажут военную помощь немецкие протестанты. Опереться на вооружение народа они побоялись. Расчеты на могущество Фридриха Пфальцского оказались ложными: он не имел ни больших средств, ни войска, которое еще предстояло набрать из наемников. Между тем в казну императора для аналогичных целей хлынул поток денег от папы и Католической лиги, вербовались на помощь Австрии испанские войска, обещал содействие Фердинанду польский король. В этой ситуации Католической лиге удалось навязать Фридриху Пфальцскому согласие на то, что военные действия не затронут собственно германскую территорию и ограничатся Чехией. В результате наемники, навербованные протестантами в Германии, и чешские силы оказались разъединенными. Католики, напротив, добились единства действий.
8 ноября 1620 г., подойдя к Праге, объединенные силы императорской армии и Католической лиги в битве у Белой Горы разгромили значительно уступавшее им чешское войско. Оно сражалось стойко, но безуспешно. Чехия, Моравия, другие области королевства были заняты победителями. Начался террор небывалых масштабов. Пытки и казни участников восстания отличались особоq изощренностью. Страну наводнили иезуиты. Всякое богослужение, кроме католического, было запрещено, национальные святыни чехов, связанные с гуситским движением, подверглись поруганию. Инквизиция изгнала из страны десятки тысяч протестантов всех направлений. Ремеслу, торговле, чешской культуре был нанесен тяжелый удар. Разгул контрреформации сопровождался массовыми конфискациями земель казненных и беженцев, имущество которых переходило к местным и немецким католикам. Складывались новые состояния, появились новые магнаты. Всего за годы Тридцатилетней войны в Чехии сменились владельцы трех четвертей земель. В 1627 г. так называемый Похоронный сейм в Праге закрепил утрату Чехией национальной независимости: «Грамоту величества» отменили, Чехия была лишена всех прежних привилегий.
Последствия Белогорской битвы сказались на изменении политической и военной ситуации не только в Чехии, но и во всей Центральной Европе в пользу Габсбургов и их союзников. Владения Фридриха Пфальцского с двух сторон оккупировали армии испанцев и Католической лиги. Он сам бежал из Германии. Император объявил, чти лишает его достоинства курфюрста — отныне оно переходит от графа Пфальца к Максимилиану Баварскому, главе лиги. Между тем войска лиги под руководством крупного военачальника Тилли, грабя по пути целые области, продвинулись на север, поддерживая и утверждая католические порядки. Это вызвало особую тревогу Дании, Англии и Республики Соединенных провинций, увидевших в успехах Тилли непосредственную угрозу своим интересам. Первый этап войны завершился, назревало ее расширение.

Второй (датский) период войны (1625—1629).
Новым участником войны стал датский король Кристиан IV. Опасаясь за судьбу своих владений, в которые входили секуляризованные церковные земли, но и надеясь приумножить их в случае побед, он заручился крупными денежными субсидиями от Англии и Голландии, набрал армию и направил ее против Тилли в междуречье Эльбы и Везера. Войска северогерманских князей, разделявших настроения Кристиана IV, присоединились к датчанам. Для борьбы с новыми противниками императору Фердинанду II требовались крупные военные силы и большие финансовые средства, но он не располагал ни тем, ни другим. Рассчитывать лишь на войска Католической лиги император не мог: Максимилиан Баварский, которому они подчинялись, хорошо понимал, какую реальную власть они обеспечивают, и все больше склонялся к проведению самостоятельной политики. К этому его тайно подталкивала и энергичная, гибкая дипломатия кардинала Ришелье, возглавившего французскую внешнюю политику и поставившего своей целью прежде всего внести разлад в габсбургскую коалицию.
Положение спас Альбрехт Валленштейн, опытный военачальник, командовавший крупными отрядами наемников на императорской службе. Богатейший магнат, онемечившийся чешский дворянин-католик. он скупил в пору конфискаций земель после Белогорской битвы столько поместий, рудников и лесов, что ему принадлежала почти вся северо-восточная часть Чехии. Валленштейн предложил Фердинанду II простую и циничную систему создания и содержания огромной армии: она должна жить за счет высоких но строго установленных контрибуций с населения. Чем больше будет армия, тем меньше окажется возможность противостоять ее требованиям. Валленштейн намеревался превратить грабеж населения в закон. Император принял его предложение. Для начальных расходов по формированию войска Фердинанд предоставил Валленштейну несколько собственных округов, в дальнейшем армия должна была кормиться за счет завоеванных территорий. Валленштейн позже проявивший себя как выдающийся полководец, обладал незаурядными организаторскими способностями. За короткий срок он создал 30-тысячную армию наемников, которая к 1630 г. выросла до 100 тыс. человек. В армию набирали солдат и офицеров любой национальности, среди них были и протестанты. Платили им много и, главное, регулярно, что было редкостью, но держали в суровой дисциплине и уделяли большое внимание профессиональному воинскому обучению. В своих владениях Валленштейн наладил мануфактурное производство оружия, в том числе артиллерийского, и различного снаряжения для армии. В необходимых случаях он мобилизовывал на срочную работу тысячи мастеров; в разных местах страны были подготовлены склады и арсеналы с большими запасами. Свои затраты Валленштейн быстро и многократно перекрыл за счет огромной военной добычи и беспощадно взимавшихся с городов и деревень гигантских контрибуций. Опустошив одну территорию, он переходил со своей армией на другую.
Продвинувшаяся на север армия Валленштейна вместе с армией Тилли нанесла ряд сокрушительных поражений датчанам и войскам протестантских князей. Валленштейн занял Померанию и Мекленбург, стал хозяином в Северной Германии и потерпел неудачу только при осаде ганзейского города Штральзунда, которому помогли шведы. Вторгшись вместе с Тилли в Ютландию и угрожая Копенгагену, он вынудил бежавшего на острова датского короля просить мира. Мир был заключен в 1629 г. в Любеке на условиях, достаточно благоприятных для Кристиана IV из-за вмешательства Валленштейна, уже строившего новые, далеко идущие планы. Ничего не утратив территориально, Дания обязалась не вмешиваться в германские дела. Все словно вернулось к ситуации 1625 г. но на деле разница была велика: император нанес еще один мощный удар протестантам, располагал теперь сильной армией, на севере закрепился Валленштейн, получивший в награду целое княжество — герцогство Мекленбургское. Появился у Валленштейна и новый титул — «генерал Балтийского и Океанического морей». За ним стояла целая программа: Валленштейн начал лихорадочное строительство собственного флота, видимо, решив вмешаться в борьбу за господство над Балтикой и северными морскими путями. Это вызвало острую реакцию во всех северных странах.
Успехи Валленштейна сопровождались также взрывами ревности в габсбургском лагере. Во время прохождения его армии через княжеские земли он не считался с тем, чьи они — католиков или протестантов. Ему приписывали желание стать чем-то вроде немецкого Ришелье, намеревающегося лишить князей их свобод в пользу центральной власти императора. С другой стороны, император сам начал опасаться чрезмерного усиления своего полководца, располагавшего преданными ему войсками и все более независимо державшего себя в политических вопросах. Под давлением Максимилиана Баварского и других вождей Католической лиги, недовольных возвышением Валленштейна и не доверявших ему, император согласился уволить его в отставку, а подчиненное ему войско распустить. Валленштейн был вынужден вернуться к частной жизни в своих имениях.
Одним из крупнейших последствий поражения протестантов на втором этапе войны стало принятие императором в 1629 г., незадолго до Любекского мира, Реституционного эдикта. Он предусматривал восстановление (реституцию) прав католической церкви на все секуляризованные имущества, захваченные протестантами с 1552 г., когда император Карл V потерпел поражение в войне с князьями. В соответствии с эдиктом предстояло отнять у владельцев и возвратить церкви земли двух архиепископств, двенадцати епископств, ряда аббатств и монастырей. Воспользовавшись военными победами, император и католическая церковь хотели повернуть время назад. Эдикт вызвал всеобщее возмущение протестантов, но обеспокоил и некоторых князей-католиков, боявшихся, что император начинает чересчур энергично перекраивать устоявшиеся порядки Империи. Нарастание глубокого недовольства результатами войны и имперской политики среди протестантов, раздоры в габсбургском лагере, наконец, серьезные опасения ряда европейских держав в связи с резким нарушением политического равновесия в Германии в пользу Габсбургов — все это были симптомы ненадежности положения императора и поддерживавших его сил, которые, казалось, находились на вершине успехов. События 1630—1631 гг. снова решительно изменили ситуацию в Германии.

Третий (шведский) период войны (1630—1635).
Летом 1630 г., навязав перемирие Польше, заручившись от Франции крупными субсидиями на войну в Германии и обещанием дипломатической поддержки, в Померании высадился со своей армией честолюбивый и смелый полководец, шведский король Густав-Адольф. Его армия была необычна для Германии, где обе воюющие стороны использовали наемные войска и обе уже хорошо освоили валленштейновские методы их содержания.
Армия Густава-Адольфа была невелика, зато однородно-национальна в своем основном ядре и отличалась высокими боевыми и моральными качествами. Ее ядро состояло из лично свободных крестьян-земляков, держателей государственных земель, обязанных военной службой. Закаленная в сражениях с Польшей, эта армия использовала талантливые нововведения Густава-Адольфа, еще не известные в Германии: более широкое применение огнестрельного оружия, легкую полевую артиллерию из скорострельных пушек, негромоздкие, гибкие боевые порядки пехоты. Ее маневренности Густав-Адольф придавал важное значение, не забывая и о коннице, организацию которой он также улучшил.
Шведы пришли в Германию под лозунгами избавления от тирании, защиты свобод немецких протестантов, борьбы с попытками провести в жизнь Реституционный эдикт; их армия, тогда еще не разросшаяся за счет наемников, поначалу не грабила, что вызвало радостное изумление населения, оказавшего ей повсеместно самый теплый прием. Все это обеспечило на первых порах крупные успехи Густава-Адольфа, вступление которого в войну означало ее дальнейшее расширение, окончательное перерастание конфликтов регионального характера в европейскую войну на территории Германии.
Действия шведов в первый год были скованы лавированием Бранденбургского и Саксонского курфюрстов, которые помнили разгром Дании и опасались открыто поддержать Густава-Адольфа, что затрудняло его продвижение через их владения. Воспользоавшись этим, Тилли во главе войск лиги осадил перешедший на сторону шведов город Магдебург, взял его штурмом и подверг диким грабежам и разрушению. Озверевшая солдатня перебила почти 30 тыс. горожан, не щадя женщин и детей. Вынудив обоих курфюрстов присоединиться к нему, Густав-Адольф, невзирая на малую результативность помощи саксонских войск, двинул свою армию против Тилли и в сентябре 1631 г. нанес ему сокрушительное поражение при деревне Брейтенфельд близ Лейпцига. Это стало переломным моментом в войне — шведам был открыт путь в Центральную и Южную Германию. Совершая стремительные переходы, Густав-Адольф двинулся к Рейну, провел зимний период, когда прекращались военные действия, в Майнце, а весной 1632 г, был уже под Аугсбургом, где на реке Лехе разбил войска императора. В этом сражении был смертельно ранен 'Тилли. В мае 1632 г, Густав-Адольф вступил в Мюнхен — столицу Баварии, главного союзника императора. Победы укрепили шведского короля в его быстро разраставшихся планах создания великой державы.
Напуганный Фердинанд II обратился к Валленштейну. Оговорив себе неограниченные полномочия, в том числе право взимать любую контрибуцию на завоеванной территории и самостоятельно заключать перемирия и мир с противниками, тот согласился стать главнокомандующим всеми вооруженными силами Империи и быстро набрал крупную армию. К этому времени Германия уже была настолько разорена войной, что и Валленштейн, постаравшийся использовать в своей армии военные новинки шведов, и Густав-Адольф стали все чаще прибегать к тактике маневрирования и выжидания, что приводило к потере боеспособности и даже гибели части войск противника от нехватки припасов. Характер шведской армии изменился: потеряв часть своего первоначального состава в сражениях, она сильно разрослась за счет наемников-профессионалов, которых в ту пору в стране было множество и которые нередко переходили из одной армии в другую, уже не обращая внимания на их религиозные знамена. Шведы теперь грабили и мародерствовали так же, как и все остальные войска.
Стремясь заставить Саксонию — крупнейшего союзника шведов в Германии — порвать союз с Густавом-Адольфом, Валленштейн вторгся в ее земли и начал методично их опустошать. Откликнувшись на отчаянные призывы саксонского курфюрста о помощи, Густав-Адольф повел свои войска в Саксонию. В ноябре 1632 г. у города Лютцена , снова близ Лейпцига, произошла вторая крупнейшая битва: шведы одержали победу и заставили Валленштейна отойти в Чехию, но в сражении погиб Густав-Адольф. Его армия отныне подчинялась политике шведского канцлера Оксеншерна, на которого сильное влияние оказывал Ришелье. Смерть Густава-Адольфа ускорила падение фактически установившейся в Германии шведской гегемонии. Как уже не раз бывало, князья, опасаясь любых великодержавных планов, начали склоняться к идее примирения с Габсбургами, если те откажутся от проведения контрреформации в чужих владениях.
Эти настроения использовал Валленштейп. В 1633 г. он повел переговоры со Швецией, Францией, Саксонией, далеко не всегда сообщая императору об их ходе и о своих дипломатических замыслах. Заподозрив его в измене, Фердинанд II, настраиваемый против Валленштейна фанатичной придворной камарильей, в начале 1634 г. отстранил его от командования, а в феврале в крепости Эгер Валленштейн был убит преданными императорской власти офицерами-заговорщиками, считавшими его государственным изменником.
Осенью 1634 г. шведская армия, утратившая былую дисциплину, потерпела жестокое поражение от имперских войск при Нердлингене. Отряды имперских солдат и испанские войска, вытеснив шведов из Южной Германии, начали опустошать земли протестантских князей в западной часта страны, что усилило их намерение добиться перемирия с Фердинандом. Одновременно шли переговоры о мире императора с саксонским курфюрстом. Он был заключен в Праге весной 1635 г. Император, пойдя на уступки, отказался от проведения Реституционного эдикта в Саксонии на 40 лет, до дальнейших переговоров, причем этот принцип должен был распространиться и на другие княжества, если они присоединятся к Пражскому миру. Новая тактика Габсбургов, рассчитанная на раскол противников, дала свои плоды — к миру присоединились северогерманские протестанты. Общеполитическая ситуация снова оказалась благоприятной для Габсбургов, и, поскольку все другие резервы в борьбе с ними были исчерпаны, Франция решила сама вступить в войну.

Четвертый (франко-шведский) период войны (1635—1648).
Возобновив союз со Швецией, Франция предприняла дипломатические усилия для активизации борьбы на всех фронтах, где можно было противоборствовать и австрийским, и испанским Габсбургам. Республика Соединенных провинций продолжала свою освободительную войну с Испанией и добилась ряда успехов в крупных морских сражениях. Мантуя, Савойя, Венеция, Трансильванское княжество поддержали франко-шведский союз. Нейтральную, но дружественную Франции позицию заняла Польша. Россия на льготных условиях снабжала Швецию рожью и селитрой (для изготовления пороха), пенькой и корабельным лесом.
Последний, самый длительный период войны велся в условиях, когда все больше ощущалось истощение противоборствующих сторон в результате огромного многолетнего напряжения людских и финансовых ресурсов. В результате преобладали маневренные военные действия, небольшие сражения и лишь несколько раз — более крупные битвы. Бои шли с переменным успехом, но в начале 40-х годов определился нарастающий перевес французов и шведов. Шведы разбили императорскую армию осенью 1642 г. снова при Брейтенфедьде, после чего заняли всю Саксонию и проникли в Моравию. Французы овладели Эльзасом, действуя согласованно с силами Республики Соединенных провинций, одержали ряд побед над испанцами в Южных Нидерландах, нанесли им тяжелый удар в битве при Рокруа в 1643 г. События осложнились обострившимся соперничеством Швеции и Дании, которое привело их к войне в 1643—1645 гг. Мазарини, сменивший умершего Ришелье, приложил немало усилий, добиваясь прекращения этого конфликта. Значительно укрепив по условиям мира свои позиции на Балтике, Швеция снова активизировала действия своей армии в Германии и весной 1646 г. разгромила императорские и баварские войска при Янкове в Южной Чехии, а затем повела наступление в чешских и австрийских землях, угрожая и Праге, и Вене. Императору Фердинанду Ш (1637—1657) становилось все яснее, что война проиграна. К мирным переговорам обе стороны подталкивали не только результаты военных действий и нарастающие трудности дальнейшего финансирования войны, но и широкий размах партизанского движения в Германии против насилий и мародерства «своих» и вражеских армий. Солдаты, офицеры, генералы обеих сторон утратили вкус к фанатичной защите религиозных лозунгов; многие из них не раз меняли цвет флага; массовым явлением стало дезертирство.
Еще в 1638 г. папа и датский король призвали к прекращению войны. Два года спустя идею мирных переговоров поддержал германский рейхстаг в Регенсбурге, собравшийся впервые после долгого перерыва. К конкретной дипломатической подготовке мира приступили, однако, позже. Только в 1644 г. начался мирный конгресс в Мюнстере, где велись переговоры между императором и Францией; в 1645 г. в другом, также вестфальском городе — Оснабрюке — открылись переговоры, на которых выяснялись шведско-германские отношения. Одновременно продолжалась и война, все более бессмысленная.